El Centro de Negocios buscará alianzas y sinergias de trabajo con las diferentes oportunidades que se generan en las diversas facultades de la UAQ, con los diferentes centros de investigación nacionales y estatales, como son el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), el Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Querétaro (CONCYTEQ), entre otras, aprovechando las distintas convocatorias propuestas por ellos; con las diferentes secretarías federales, estatales y municipales, como son a nivel federal la Secretarías de Economía, Agricultura y Desarrollo Rural, Energía, Turismo, etc., a nivel estatal, la Secretaría de Desarrollo Sustentable, Turismo, desarrollo Agropecuario, etc.; con cámaras empresariales y sindicatos patronales, como pueden ser la Confederación Patronal de la República Mexicana (COPARMEX), la Cámara Nacional de Comercio, Servicios y Turismo de Querétaro (CANACO), la Cámara Nacional de la Industria de transformación (CANACINTRA), Asociación Mexicana de Distribuidores de Automotores (AMDA), Consejo Coordinador Empresarial (CCE), entre otras, gremios de profesionales, como son la Federación de Colegios y Asociaciones de Profesionistas del Estado de Querétaro, A.C. (FECAPEQ), Colegio de Ingenieros Civiles del estado de Querétaro, A.C., Colegio de Contadores Públicos de Querétaro, A.C., el Instituto Mexicano de Ejecutivos de Finanzas, A.C. (IMEF), y vinculación con diferentes asociaciones civiles, organizaciones no gubernamentales y fundaciones para propósitos específicos, como es el Instituto Mexicano para la Competitividad. El CN tendrá vinculación con diferentes clústers que se encuentran en la entidad, como son el aeronáutico, el automotriz, de plásticos, el energético, el de innovación logística y el médico, entre otros. De esta forma el CN tendrá vinculación y extensión estratégica entre los diferentes sectores empresariales sociales y públicos del estado de Querétaro. Y al interior con áreas ya consolidadas de la FCA, como son Educación Continua y el Centro de Medios que tiene su propia estructura orgánica, que participarán dentro del campo de su competencia en las oportunidades que se generen en el Centro de Negocios.